Najtrudniejszy do udokumentowania okres w dziejach Miejskiej Biblioteki Publicznej to lata 1939-1944 - z tego bowiem okresu nie zachowały się żadne dokumenty pisane. Wprawdzie przez pierwsze tygodnie okupacji niemieckiej Biblioteka jeszcze funkcjonowała, ale wkrótce Niemcy zdecydowali o jej zamknięciu dla szerszego grona użytkowników. W drodze nadzwyczajnego ustępstwa władze okupacyjne zezwoliły na wypożyczanie z biblioteki książek niezbędnych młodzieży szkolnej do nauki.

W 1941 r. Niemcy zarządzili, aby z księgozbioru biblioteki wyeliminować wszelkie książki mające - zdaniem okupanta - treści antyniemieckie oraz książki klasyki polskiej autorów takich jak m.in. B. Prus, H. Sienkiewicz, M. Wańkowicz i innych. Dopilnowano, aby zarządzenie było w pełni wykonane.

Na początku 1942 r. Niemcy zamknęli lokal biblioteki, opieczętowując drzwi, co uniemożliwiło korzystanie z jej zbiorów nawet przez młodzież szkolną. Wkrótce jednak lokal biblioteki został otwarty. Wprawdzie nie dla czytelników, ale korzystali z niego polscy urzędnicy magistratu. Okazało się bowiem, że aby dostać się do archiwum magistratu musiano przejść przez bibliotekę. Konieczność bieżącego dostępu do archiwum wymusiła na Niemcach zgodę na zerwanie pieczęci z drzwi prowadzących do biblioteki. Do definitywnego zaprzestania pieczętowania drzwi do archiwum i biblioteki przyczynili się sami Niemcy. Otóż do magistratu bialskiego z kancelarii generał-gubernatora w Krakowie wpłynęło pismo z żądaniem przekazania wszelkich dokumentów dotyczących rodziny Józefa Becka - ostatniego przedwojennego ministra spraw zagranicznych. Zdaniem Niemców, Józef Beck był pochodzenia żydowskiego, a jego rodzina rzekomo przed wojną miała mieszkać w Białej Podlaskiej. Wiadomość okazała się nieprawdziwa, ale konieczność jej dokładnego sprawdzenia w oparciu o dokumenty w archiwum spowodowała, że otwarto archiwum i bibliotekę. Możliwe stało się zatem udostępnianie zbiorów - dzienne wypożyczenia wahały się w granicach 20 woluminów.

W ostatnich miesiącach okupacji miasta przez Niemców (wiosna 1944) do zbiorów Miejskiej Biblioteki Publicznej włączono księgozbiór pozostały po przedwojennej bibliotece Polskiej Macierzy Szkolnej. Tymczasem do obecnej wschodniej granicy Polski w szybkim tempie zbliżały się oddziały armii radzieckiej i Wojska Polskiego. Niemcy szykowali się do ewakuacji. Istniała obawa, że Niemcy przed opuszczeniem Białej mogą zniszczyć bibliotekę. Pracownicy magistratu bialskiego chcąc uchronić książki rozdawali je na przechowanie mieszkańcom miasta, a tylko nieliczne zostały zapakowane i ukryte w piwnicach budynku Zarządu Miejskiego. Niestety, większość z rozdanych na przechowanie książek nigdy już do biblioteki nie wróciła.

Tragiczny los spotkał bibliotekę przy dawnej Podlaskiej Wytwórni Samolotów. Obiekty PWS zbombardowano, biblioteka została wówczas w znacznym stopniu zniszczona, a resztki zbiorów rozszabrowano.

26 lipca 1944 r. Biała została wyzwolona i niemal natychmiast przystąpiono do organizacji życia miasta w nowej rzeczywistości powojennej. Nowe władze już 26 września 1944 r. powołały Miejską Komisję Kultury i Oświaty Pozaszkolnej, stawiając przed nią m.in. zadanie zorganizowania, a właściwie reaktywowania Miejskiej Biblioteki Publicznej. W dniu 11 października 1944 r. na posiedzeniu prezydium tej komisji, funkcję bibliotekarza w Miejskiej Bibliotece Publicznej powierzono Józefowi Jakubowskiemu. Ustalono jednocześnie, że biblioteka będzie czynna we wszystkie dni robocze w godzinach 1500 do 1700. Książki wypożyczano na okres 2 tygodni. Lokal biblioteki mieścił się w budynku Zarządu Miasta z wejściem od pl. Wolności. Ponieważ biblioteka odczuwała znaczny niedostatek książek władze miasta zdecydowały się zwrócić z apelem do mieszkańców miasta i powiatu bialskiego o przekazanie książek do biblioteki w postaci darów, zakazując zarazem pokątnego handlu książkami. Apel ten został wygłoszony m.in. z ambon przez księży.